| 1 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Panathinaikos | 2 | +5 | 6 |
| 2 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Lugano | 2 | +4 | 6 |
| 3 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Brann | 2 | +4 | 6 |
| 4 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Trabzonspor | 2 | +4 | 6 |
| 5 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  FC Twente | 2 | +4 | 6 |
| 6 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Monaco | 2 | +4 | 6 |
| 7 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Sint-Truiden | 2 | +3 | 6 |
| 8 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Hajduk Split | 2 | +2 | 6 |
| 9 (Barrages pour les 8es de finale) |  Brighton & Hove Albion | 2 | +4 | 4 |
| 10 (Barrages pour les 8es de finale) |  FC København | 2 | +3 | 4 |
| 11 (Barrages pour les 8es de finale) |  Universitatea Craiova | 2 | +2 | 4 |
| 12 (Barrages pour les 8es de finale) |  Mjällby | 2 | +2 | 4 |
| 13 (Barrages pour les 8es de finale) |  Ajax | 2 | +1 | 3 |
| 14 (Barrages pour les 8es de finale) |  Borac Banja Luka | 2 | +1 | 3 |
| 15 (Barrages pour les 8es de finale) |  Atalanta | 2 | 0 | 3 |
| 16 (Barrages pour les 8es de finale) |  Sporting Braga | 2 | -1 | 3 |
| 17 (Barrages pour les 8es de finale) |  Gent | 2 | -1 | 3 |
| 18 (Barrages pour les 8es de finale) |  SC Freiburg | 2 | -2 | 3 |
| 19 (Barrages pour les 8es de finale) |  Nordsjælland | 2 | 0 | 2 |
| 20 (Barrages pour les 8es de finale) |  Egnatia Rrogozhinë | 2 | 0 | 2 |
| 21 (Barrages pour les 8es de finale) |  Riga | 2 | 0 | 2 |
| 22 (Barrages pour les 8es de finale) |  Crvena Zvezda | 2 | -1 | 1 |
| 23 (Barrages pour les 8es de finale) |  CSKA Sofia | 2 | -1 | 1 |
| 24 (Barrages pour les 8es de finale) |  Jablonec | 2 | -1 | 1 |
| 25 |  FC Midtjylland | 2 | -1 | 1 |
| 26 |  AGF | 2 | -1 | 1 |
| 27 |  Pafos FC | 2 | -2 | 1 |
| 28 |  Hearts | 2 | -2 | 1 |
| 29 |  FC Iberia 1999 | 2 | -2 | 1 |
| 30 |  Getafe | 2 | -3 | 1 |
| 31 |  Kairat | 2 | -4 | 1 |
| 32 |  Thun | 2 | -2 | 0 |
| 33 |  Lincoln Red Imps | 2 | -4 | 0 |
| 34 |  KuPS | 2 | -4 | 0 |
| 35 |  Inter Club d'Escaldes | 2 | -4 | 0 |
| 36 |  Kauno Žalgiris | 2 | -7 | 0 |