| 1 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Olympiacos F.C. | 4 | +3 | 10 |
| 2 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Benfica | 3 | +8 | 9 |
| 3 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Bayer 04 Leverkusen | 3 | +8 | 9 |
| 4 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  AFC Bournemouth | 3 | +7 | 9 |
| 5 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Ferencvárosi | 3 | +6 | 9 |
| 6 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Union Saint-Gilloise | 3 | +7 | 7 |
| 7 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Juventus | 3 | +6 | 7 |
| 8 (Qualifiés pour les 8es de finale) |  Beşiktaş | 3 | +4 | 7 |
| 9 (Barrages pour les 8es de finale) |  Sunderland | 3 | +2 | 7 |
| 10 (Barrages pour les 8es de finale) |  AZ Alkmaar | 3 | +4 | 6 |
| 11 (Barrages pour les 8es de finale) |  Omonia Nicosia | 3 | +1 | 6 |
| 12 (Barrages pour les 8es de finale) |  Rennes | 4 | +1 | 6 |
| 13 (Barrages pour les 8es de finale) |  Olympique Lyonnais | 3 | -1 | 6 |
| 14 (Barrages pour les 8es de finale) |  Real Sociedad | 3 | +5 | 4 |
| 15 (Barrages pour les 8es de finale) |  Crystal Palace | 3 | +3 | 4 |
| 16 (Barrages pour les 8es de finale) |  Sparta Praha | 3 | +2 | 4 |
| 17 (Barrages pour les 8es de finale) |  Levski Sofia | 3 | 0 | 4 |
| 18 (Barrages pour les 8es de finale) |  Dinamo Zagreb | 3 | -1 | 4 |
| 19 (Barrages pour les 8es de finale) |  Sturm Graz | 3 | -2 | 4 |
| 20 (Barrages pour les 8es de finale) |  NEC Nijmegen | 3 | -3 | 4 |
| 21 (Barrages pour les 8es de finale) |  Salzburg | 3 | -3 | 4 |
| 22 (Barrages pour les 8es de finale) |  Anderlecht | 3 | +1 | 3 |
| 23 (Barrages pour les 8es de finale) |  TSG Hoffenheim | 3 | 0 | 3 |
| 24 (Barrages pour les 8es de finale) |  AC Milan | 3 | -1 | 3 |
| 25 |  Celta de Vigo | 3 | -1 | 3 |
| 26 |  OFI | 3 | -1 | 3 |
| 27 |  Jagiellonia Białystok | 3 | -2 | 3 |
| 28 |  Torreense | 3 | -3 | 3 |
| 29 |  Celje | 3 | -5 | 1 |
| 30 |  Hapoel Be'er Sheva | 3 | -5 | 1 |
| 31 |  Lillestrøm | 3 | -7 | 1 |
| 32 |  Lech Poznań | 3 | -8 | 1 |
| 33 |  Viktoria Plzeň | 3 | -5 | 0 |
| 34 |  Olympique Marseille | 3 | -5 | 0 |
| 35 |  Celtic | 3 | -6 | 0 |
| 36 |  Ararat-Armenia | 3 | -9 | 0 |